راه حل کلی آزمایشگاه میکروبیولوژی با توجه به الزامات ایمنی و الزامات استفاده از آزمایشگاه با مهندسی آزمایشگاه عمومی یا مهندسی تصفیه متفاوت است.آزمایشگاه‌هایی که عمدتاً در میکروبیولوژی، زیست‌پزشکی، بیوشیمی، آزمایش‌های حیوانی، نوترکیبی ژنتیکی و محصولات بیولوژیکی مورد استفاده قرار می‌گیرند، مجموعاً آزمایشگاه‌های ایمنی زیستی نامیده می‌شوند.آزمایشگاه ایمنی زیستی شامل آزمایشگاه اصلی عملکرد آزمایشگاهی و سایر آزمایشگاه ها و اتاق های کار کمکی است.آزمایشگاه های ایمنی زیستی باید ایمنی شخصی، ایمنی محیطی، ایمنی زباله و ایمنی نمونه، عملکرد طولانی مدت و ایمن را تضمین کنند و در عین حال محیط کاری راحت و خوبی را برای کارکنان آزمایشگاه فراهم کنند.
آزمایشگاه میکروبیولوژی دارای یک اتاق آزمایش محلی 100 سطح باکتری، یک اتاق آزمایش قارچ، یک اتاق آزمایش بیماری زا، یک اتاق شستشو و ضد عفونی، یک اتاق کشت کپک، یک اتاق کشت باکتری و یک اتاق شناسایی ابزار میکروارگانیسم، یک آماده سازی محیط کشت است. اتاق، اتاق نگهداری سویه.
